地方独特の地下水が、ボトル詰めして販売されておりますが、水質はどうなんでしょうか？

地下水の汚染状況により、かなりの差が出ていると思われます。
採水場所の上流部に、工場や畜舎、田畑がなければ、比較的汚染度合いは少ないと判断できます。
しかし、深遠な山間部であっても、雨が地表に降り注ぐ時点で、空気汚染の洗礼を受けていますし、汚染物質を含んだ水が地層深くに浸透してゆき、地下水となっていることからも、決して安心はできません。